Pada 17 Mac 2021 malam waktu tempatan, BWF menyatakan bahawa semua pemain Indonesia yang bertanding dalam kejohanan itu, termasuk ketiga-tiganya yang telah menang pada pusingan pertama, ditarik dari kejohanan setelah 20 daripada 24 orang dari pasukan dihubungi oleh perkhidmatan NHS Test and Trace melalui e-mel, dan diharuskan memasuki pengasingan 10 hari. Mereka dihubungi oleh NHS selepas seseorang dalam pesawat penerbangan yang dalam perjalanan dari Istanbul ke Birmingham dengan pasukan diuji positif untuk COVID-19.[3][4] Seluruh pasukan terpaksa berjalan kaki dari arena ke hotel kerana perkhidmatan ulang-alik mereka dicegah dari membawa mereka ke hotel.[5]

Ini mencetuskan kontroversi antara pemain Indonesia dan BWF. Pihak Indonesia membantah kerana 3 pemain India yang diuji positif sebelum kejohanan,[6] walaupun 24 jam kemudian diuji negatif setelah ujian mandiri,[7] dibenarkan bermain di kejohanan itu, sementara semua ahli pasukan Indonesia telah diuji negatif untuk virus berkenaan.[8] Permulaan kejohanan itu sendiri telah ditangguhkan selama lima jam setelah 7 keputusan COVID-19 dianggap tidak meyakinkan.[9] Persatuan Bulu Tangkis Indonesia (PBSI) juga menyatakan bahawa pemain badminton Turki Neslihan Yiğit dan jurulatihnya yang berada dalam penerbangan yang sama dengan pasukan Indonesia dari Istanbul ke Birmingham, tetapi Yiğit diizinkan untuk meneruskan kempen kejohanannya.[10] Pada 18 Mac tengah hari waktu tempatan, Yiğit mengumumkan telah menarik diri dari kejohanan oleh BWF.[11]

Sebelumnya, di pusingan pertama beregu lelaki antara pemain Mohammad Ahsan dan Hendra Setiawan dan pasangan Inggeris Ben Lane dan Sean Vendy mencetuskan reaksi balas kerana pengaturan di mana hakim perkhidmatan yang bertugas, Alan Crow, juga berbahasa Inggeris.[12] Namun, menurut peraturan, BWF tidak pernah secara tegas melarang pegawai teknikal untuk mengadakan pertandingan yang melibatkan atlet dari negara yang sama dengan pegawai teknikal menentang atlet dari negara lain.[13]